Το ΚΕΠΑ από το 1993 δραστηριοποιείται στη διαχείριση προγραμμάτων πανελλαδικής ή/και περιφερειακής εμβέλειας που συγχρηματοδοτούνται από την Ε.Ε. μέσω των ΚΠΣ (έως το 2006) και των ΕΣΠΑ (από το 2007 έως σήμερα).
Για τις επιχειρησιακές του ανάγκες το ΚΕΠΑ, όπως έχει περιγραφεί στο προφίλ της εταιρείας συμμετέχει σε κατάλληλα κοινοπρακτικά σχήματα (ΑΝΕΜ, ΕΦΕΠΕ, ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ) έχοντας είτε την αποκλειστική ευθύνη διαχείρισης προγραμμάτων και δράσεων που ανατίθενται σε αυτά (ΑΝΕΜ και ΕΦΕΠΕ στο Β’ ΚΠΣ), είτε συμμετέχοντας έμμεσα στη διαχείριση των προγραμμάτων και δράσεων (ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ για ΕΣΠΑ 2007-2013 και ΕΣΠΑ 2014-2020).
Σήμερα, το ΚΕΠΑ λόγω της συμμετοχής του στην ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ως βασικός μέτοχος-εταίρος, η οποία αποτελεί βασικό εταίρο του ΕΦΕΠΑΕ, συμμετέχει στη διαχείριση των δράσεων και προγραμμάτων του ΕΠΑνΕΚ 2014-2020, χωρίς όμως να εμπλέκεται άμεσα σε αυτή. Η κύρια επιχειρησιακή του δραστηριότητα αφορά στην αξιοποίηση Ευρωπαϊκών Προγραμμάτων για την υλοποίηση έργων προς όφελος της επιχειρηματικότητας και των Μικρομεσαίων Επιχειρήσεων, καθώς και στην παροχή επιχειρηματικών υπηρεσιών μέσω της δημιουργίας και λειτουργίας των Κέντρων Υπηρεσιών Επιχειρηματικής Ανάπτυξης «microSTARS»