Καθ’ όλη την διάρκεια λειτουργίας του και λόγω της τεράστιας εμπειρίας και τεχνογνωσίας του στο σχεδιασμό, διαχείριση και εφαρμογή προγραμμάτων ενίσχυσης-στήριξης της επιχειρηματικότητας, το ΚΕΠΑ έχει αναπτύξει συνεργασίες και ισχυρούς δεσμούς με τους τοπικούς και περιφερειακούς επιχειρηματικούς και αναπτυξιακούς φορείς της Βόρειας Ελλάδας (ΑΠΘ, ΠΑΜΑΚ, ΑΤΕΙΘ, Περιφέρειες, Επιμελητήρια, Δήμος Θεσσαλονίκης, ΣΕΠΒΕ, ΑΖΚ,  κ.λ.π.) καθώς και με τις Αναθέτουσες Αρχές (Υπουργεία, Διαχειριστικές Αρχές) . Επίσης είναι συνεργάτης στην προθερμοκοιτίδα ΟΚ! Τhess στο πλαίσιο του μνημονίου συνεργασίας που έχει υπογράψει με το Δήμο Θεσσαλονίκης.

Επίσης στο πλαίσιο της διαχείρισης Ευρωπαϊκών Προγραμμάτων το ΚΕΠΑ έχει αναπτύξει συνεργασίες με την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, με Χρηματοπιστωτικά Ιδρύματα (Συνεταιριστική Τράπεζα Καρδίτσας, Παγκρήτια Τράπεζα), Φορείς Μικροχρηματοδότησης (Micfofinace Centre, Εuropean Microfinance Network) καθώς και Φορείς και Ιδρύματα του Εξωτερικού στον τομέα του Σχεδιασμού (Nesta, DDR, BCD, Desing Council, BEDA,…).

Επισημαίνεται ότι, το ΚΕΠΑ είναι μέλος του δικτύου ΕRRIN, του Μicrofinance Centre και της ΒΕDA (Buraeu of European Design Associations.